第二次大戦後は、昭和４７年の日本復帰を契機に、那覇港北岸、泊港、新港を一体的に那覇市が管理することにより、３港を一元化し那覇港は重要港湾の指定を受けました。
当初の那覇港港湾計画は、昭和４９年に制定され、本土及び近隣アジア諸国をはじめ、主要離島を結ぶ流通拠点の整備を図るため、新たに浦添埠頭を組み入れ、防波堤、臨港交通施設、小型船だまり場等の整備、埠頭用地、港湾関連用地、緑地等の確保を含めた基本方針を定め、昭和５６年における港湾取扱貨物量を７４０万トン(内貿６８０万トン、外資６０万トン)として計画しました。
その後、船舶の大型化や多様化に対応した岸壁の整備、再開発による埠頭能力の向上あるいは、海洋性リゾート等の時代の変化にともなう要請に対応するため、計画の改訂を行ない、平成１２年の港湾取扱貨物量を１,２４０万トン(内貿１,０８０万トン、外貿１６０万トン)として、新港埠頭地区の拡充、浦添埠頭地区の北側への展開が位置付けられました。 さらに平成１５年には、沖縄振興計画に基づき、那覇港国際流通港湾化を目指し、新たな港湾計画が改定されました。
那覇港の整備は、この改訂された港湾計画に基づき、新港埠頭地区の水深１４ｍコンテナ船専用岸壁２バースを築造。現在、那覇国際コンテナターミナル株式会社によるターミナル管理運営が開始されています。